Munkkivuoren apteekki on perustettu vuonna 1959 tuolloin valmistuneeseen Suomen ensimmäiseen ostoskeskukseen Munkkivuoreen.
Nykyisessä paikassaan apteekki on sijainnut vuodesta 1984. Tällöin apteekki muutti vastavalmistuneeseen Lääkärikeskus Dextran taloon.
Apteekin myymälätilat on uusittu huhtikuussa 2015. Edellinen remontti tehtiin 2007, jolloin apteekin toimintamalli uusittiin.